Grutte Pier [Wa Oars]

Grutte Pier [Wa Oars] Forum
Het is momenteel Za Sep 23, 2017 02:18

Alle tijden zijn UTC + 1 uur [ Zomertijd ]




Forum gesloten Dit onderwerp is gesloten. U kunt geen berichten wijzigen of nieuwe reacties plaatsen.  [ 2 berichten ] 
Auteur Bericht
BerichtGeplaatst: Zo Mei 06, 2012 04:17 
Offline
Forum Admin
Gebruikers-avatar

Geregistreerd: Do Dec 22, 2005 03:53
Berichten: 972
Woonplaats: Leeuwarden


Over

Genomes are fantastic keepers of genetic information and are the outcome of evolutionary replication, mutation and selection.
Genomes organize functions from the cellular level, via the organismic level, up to the complex basis of mind. In human cells
the genetic information controlling most processes from the cellular level, over embryogenesis to cognitive ability, manifests in
a diploid set of 23 DNA molecules (chromosomes), combined they consist of ~3x10e9 base pairs (bp) stored in ~2.80 GB of
data. This whole genome, whose added molecular length totals ~2 m, is kept in comparably small cell nuclei with typical
diameters of ~10 µm or volumes of 500 µm3. The sequential organization of genomes, i.e. the relations between distant base
pairs and regions within sequences, and its connection to the three-dimensional architectural organization of genomes is still
a largely unresolved problem.

Afbeelding

Correlizer has been set up to unravel these mysteries, and we found long-range power-law correlations on almost the entire
observable scale of 132 completely sequenced chromosomes of 0.5 x 10e6 to 3.0 x 10e7 bp. Varying from Archaea, Bacteria,
Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Drosophila melanogaster, and Homo sapiens.
The local correlation coefficients show a species-specific multi-scaling behavior: close to random correlations on the scale of a
few base pairs, a first maximum from 40 to 3,400 bp (for Arabidopsis thaliana and Drosophila melanogaster divided in two
submaxima), and often a region of one or more second maxima from 10e5 to 3 x 10e5 bp. Within this multi-scaling behavior,
an additional fine-structure is present and attributable to codon usage in all except the human sequences, where it is related to
nucleosomal binding.

Computer-generated random sequences assuming a block organization of genomes, the codon usage, and nucleosomal binding
explain these results. Mutation by sequence reshuffling destroyed all correlations. Thus, the stability of correlations seems to be
evolutionarily tightly controlled and connected to the spatial genome organization, especially on large scales.

In summary, we found that genomes show a complex sequential organization related closely to their three-dimensional
organization, which has resulted in entire new insights into genomes. This is important for the general understanding of genomes,
from which then new diagnostics and treatments can be developed. With modern high-throughput sequencing techniques now
entire genomes are sequenced on a daily basis for a very low price. Actually thousands of completely sequenced genomes fill the
public databases meanwhile. Consequently, the analysis of the genetic sequence gets more and more important as well.


Installatie

Voer de onderstaande stappen uit voor het installeren van de client-software.
  1. Download en installeer BOINC
  2. Open BOINC Manager
  3. Voeg een nieuw project toe: Tools -> Attach to project or account manager...
  4. Selecteer Attach to project
  5. Voer Project URL in: http://svahesrv2.bioquant.uni-heidelberg.de/correlizer/
  6. Voer je gebruikersnaam en wachtwoord in (zie onder voor subteam-info)
  7. Grazen maar!

Subteam

Mocht je namens Team GP willen crunchen, vul dan voor je BOINC accountnaam het volgende in:

Grutte Pier [Wa Oars]~<gebruikersnaam>

(dus bv. Grutte Pier [Wa Oars]~Gurbe)


Stats!

Correlizer is een officieel DPC-project, maar er zijn geen DPCH-Stats.

Voor de stats zie: DigiK-oz - Correlizer


Afbeelding


Omhoog
 Profiel  
 
 Titel:
BerichtGeplaatst: Wo Aug 27, 2014 11:01 
Offline
Forum Admin
Gebruikers-avatar

Geregistreerd: Do Dec 22, 2005 03:53
Berichten: 972
Woonplaats: Leeuwarden
Ik weet niet of dit project officieel is afgesloten, maar de website is compleet van de kaart verdwenen... :?

Dus vandaar verplaatst naar de sectie "Inactive".

_________________
Powered by: Necromancer, Warlock and Sorcerer

Afbeelding


Omhoog
 Profiel  
 
Berichten weergeven van de afgelopen:  Sorteer op  
Forum gesloten Dit onderwerp is gesloten. U kunt geen berichten wijzigen of nieuwe reacties plaatsen.  [ 2 berichten ] 

Alle tijden zijn UTC + 1 uur [ Zomertijd ]


Wie is er online?

Gebruikers in dit forum: Geen geregistreerde gebruikers en 1 gast


U mag geen nieuwe onderwerpen plaatsen in dit forum
U mag geen reacties plaatsen op onderwerpen in dit forum
U mag uw berichten niet wijzigen in dit forum
U mag uw berichten niet verwijderen in dit forum
U mag geen bijlagen plaatsen in dit forum

Zoeken naar:
Ga naar:  
cron
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group
Vertaald door phpBBservice.nl.