Grutte Pier [Wa Oars]

Grutte Pier [Wa Oars] Forum
Het is momenteel Za Sep 23, 2017 02:17

Alle tijden zijn UTC + 1 uur [ Zomertijd ]




Forum gesloten Dit onderwerp is gesloten. U kunt geen berichten wijzigen of nieuwe reacties plaatsen.  [ 2 berichten ] 
Auteur Bericht
BerichtGeplaatst: Wo Jan 02, 2013 18:00 
Offline
Forum Admin
Gebruikers-avatar

Geregistreerd: Do Dec 22, 2005 03:53
Berichten: 972
Woonplaats: Leeuwarden


Over

SIMAP is a database of protein similarities and protein domains. It contains about all currently published protein
sequences and is continuously updated. Protein similarities are computed using the FASTA algorithm which provides
optimal speed and sensitivity. Protein domains are calculated using the InterPro methods and databases.
SIMAP is to our knowledge the only project that combines comprehensive coverage with respect to all known proteins
and incremental update capabilities.

Because of the huge amount of known protein sequences in public databases it became clear that most of them will not
be experimentally characterized in the near future. Nevertheless, proteins that have evolved from a common ancestor
often share same functions (so-called orthologs). So it is possible to infer the function of a non-characterized
protein from an ortholog with known function. A well-known example are the investigations about mouse genes and
proteins. Their results are also beeing true for orthologous human genes and proteins in many cases. Protein
similarities provide information about relations between proteins and are necessary for the prediction of orthologs.
Protein domains (often called function domains) are the structural building blocks of proteins. They are responsible
for the activities of a certain protein, e.g. binding of small molecules, catalytic reactions or binding other proteins
in large complexes. The knowledge about protein domains is stored in huge repositories like the InterPro databases.
The prediction of domains in newly sequenced proteins is based on those database and provides a fully-automatic
functional annotation of these proteins. Therefore we calculate protein domains for all proteins in SIMAP, thus
providing the largest system for protein function prediction worldwide.
There are many more bioinformatics methods that rely on protein similarity and domains. Our protein similarity database
provides pre-computed similarity and domain data and represents the known protein space. This opens completely new
perspectives compared to the commonly used method to repeatedly re-calculate such kind of data. SIMAP is regularly
updated. The similarity matrix is simply beeing incrementally extended if new sequences occur. The use of SIMAP is
completely free for education and public research.


Installatie

Voer de onderstaande stappen uit voor het installeren van de client-software.
  1. Download en installeer BOINC
  2. Open BOINC Manager
  3. Voeg een nieuw project toe: Tools -> Attach to project or account manager...
  4. Selecteer Attach to project
  5. Selecteer SIMAP, of voer Project URL in: http://boincsimap.org/boincsimap/
  6. Voer je gebruikersnaam en wachtwoord in (zie onder voor subteam-info)
  7. Grazen maar!

Subteam

Mocht je namens Team GP willen crunchen, vul dan voor je accountnaam het volgende in:

Grutte Pier [Wa Oars]~<gebruikersnaam>

(dus bv. Grutte Pier [Wa Oars]~Gurbe)


Stats!

SIMAP is een officieel DPC-project, maar er zijn geen DPCH-Stats.

Voor de stats ga naar: DigiK-oz - SIMAP


Afbeelding


Omhoog
 Profiel  
 
BerichtGeplaatst: Ma Jan 05, 2015 21:03 
Offline
Forum Admin
Gebruikers-avatar

Geregistreerd: Do Dec 22, 2005 03:29
Berichten: 8
Woonplaats: Kimswerd
SIMAP met ingang van 01-januari-2015 stopgezet.

Team GP heeft hier een mooie 4e plaats weten te bemachtigen! d:)b


Omhoog
 Profiel  
 
Berichten weergeven van de afgelopen:  Sorteer op  
Forum gesloten Dit onderwerp is gesloten. U kunt geen berichten wijzigen of nieuwe reacties plaatsen.  [ 2 berichten ] 

Alle tijden zijn UTC + 1 uur [ Zomertijd ]


Wie is er online?

Gebruikers in dit forum: Geen geregistreerde gebruikers en 1 gast


U mag geen nieuwe onderwerpen plaatsen in dit forum
U mag geen reacties plaatsen op onderwerpen in dit forum
U mag uw berichten niet wijzigen in dit forum
U mag uw berichten niet verwijderen in dit forum
U mag geen bijlagen plaatsen in dit forum

Zoeken naar:
Ga naar:  
cron
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group
Vertaald door phpBBservice.nl.